Spielt es eine Rolle bei der Suchmaschinenoptimierung, ob wir die Links mit Hilfe von CSS oder JavaScript so beeinflussen, dass sie möglichst oben erscheinen?

Ganz egal ob Sie 1000 Links haben und einer davon aus welchen Gründen auch immer ganz oben positioniert wird, sollten wir uns darüber keine Gedanken machen. Denn Google parst die Webseite und wird schon die Links finden, die für ihn relevant sind. (Seo2day- Redaktion: Natürlich die Links die im Footer platziert sind, bekommen weniger Relevanz im Vergleich zu denen, die oben platziert sind). Solange die Links anklickbar und sichtbar sind, desto besser für die Nutzer und Google-Bots. Über den Rest würde ich mir keine Gedanken machen.